Erioperatsioonide väejuhatusel on strateegiline osa Eesti iseseisvas kaitsevõimes – selle peamine ülesanne on arendada tavatu sõjapidamise võimet. Lisaks kuuluvad üksuse ülesannete hulka eriluure- ja seire, sõjaline toetus ning suunatud rünnak. Erioperatsioonide väejuhatus allub vahetult kaitseväe juhatajale.