Ministeeriumi valitsemisalas on Eesti Kaitsevägi, Riigi Kaitseinvesteeringute Keskus, Kaitseressursside Amet, Välisluureamet, aga ka sõjaajalugu tutvustav Eesti Sõjamuuseum – kindral Laidoneri muuseum. Ministri pädevuses on kõikide allasutuste järelevalve nii seaduse kui ka otstarbekuse seisukohast. Ministeerium kooskõlastab oma tegevuse Kaitseväe ning teiste asjassepuutuvate allasutustega kogu otsustusprotsessi jooksul. Ministeerium on jaotatud nelja asekantsleri vastutusalaks. Kaitsepoliitika asekantslerile alluvad osakonnad töötavad välja riigikaitse tulevikuvisiooni, kaitseplaneerimise asekantsleri vastutusala seob selle võimete ja eelarvega ning õigus- ja haldusküsimuste asekantsleri vastutusala toetab ministeeriumi tööd.