Toetuse väejuhatus peab tagama Eesti Kaitseväe võitlusvalmiduse ja jätkusuutlikkuse vajalike materjalide, teenuste ja väljaõppega. Toetuse väejuhatus allub vahetult kaitseväe juhatajale. Erinevate allüksuste abil korraldatakse kaitseväelaste väljaõpe ja mobilisatsioon, tagatakse kaitseväele varustus ja logistika, samuti meditsiinivarustus, -väljaõpe ja -materjalid.